| 順位 | チーム名 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 | 失 | 差 | |
| 1 | 地域決勝 | 松本山雅FC | 31 | 10 | 1 | 3 | 47 | 15 | 32 | 
| 2 | 長野パルセイロ | 31 | 10 | 1 | 3 | 35 | 18 | 17 | |
| 3 | JAPANサッカーカレッジ | 29 | 9 | 2 | 3 | 37 | 13 | 24 | |
| 4 | ツエーゲン金沢 | 27 | 9 | 0 | 5 | 35 | 16 | 19 | |
| 5 | フェルヴォローザ石川白山 | 24 | 8 | 0 | 6 | 37 | 23 | 14 | |
| 6 | ヴァリエンテ富山 | 10 | 3 | 1 | 10 | 22 | 38 | -16 | |
| 7 | 2部降格 | 新潟経営大学 | 9 | 2 | 3 | 9 | 12 | 56 | -44 | 
| 8 | 2部降格 | 上田ジェンシャン | 2 | 0 | 2 | 12 | 9 | 55 | -46 | 
| 松本 | 長野 | JSC | 金沢 | 石川 白山 | 富山 | 経大 | 上田 | |
| 松本山雅FC | ●0-1 ○3-0 | ●1-2 △2-2 | ○3-2 ○2-1 | ○2-0 ●1-4 | ○5-1 ○3-2 | ○6-0 ○12-0 | ○6-0 ○1-0 | |
| 長野 パルセイロ | ○1-0 ●0-3 | △2-2 ○2-1 | ●1-3 ○4-1 | ○3-2 ○3-1 | ○4-1 ●2-3 | ○7-0 ○2-0 | ○2-0 ○2-1 | |
| JSC | ○2-1 △2-2 | △2-2 ●1-2 | ○2-1 ●0-1 | ●2-3 ○2-1 | ○3-0 ○8-0 | ○5-0 ○1-0 | ○4-0 ○3-0 | |
| ツエーゲン 金沢 | ●2-3 ●1-2 | ○3-1 ●1-4 | ●1-2 ○1-0 | ○1-0 ●1-2 | ○2-0 ○3-0 | ○3-0 ○5-1 | ○2-1 ○9-0 | |
| フェルヴォ 石川白山 | ●0-2 ○4-1 | ●2-3 ●1-3 | ○3-2 ●1-2 | ●0-1 ○2-1 | ○3-0 ○2-1 | ○7-0 ●2-4 | ○6-2 ○4-1 | |
| ヴァリエンテ 富山 | ●1-5 ●2-3 | ●1-4 ○3-2 | ●0-3 ●0-8 | ●0-2 ●0-3 | ●0-3 ●1-2 | ●1-2 △1-1 | ○9-0 ○3-0 | |
| 新潟経営大学 | ●0-6 ●0-12 | ●0-7 ●0-2 | ●0-5 ●0-1 | ●0-3 ●1-5 | ●0-7 ○4-2 | ○2-1 △1-1 | △2-2 △2-2 | |
| 上田 ジェンシャン | ●0-6 ●0-1 | ●0-2 ●1-2 | ●0-4 ●0-3 | ●1-2 ●0-9 | ●2-6 ●1-4 | ●0-9 ●0-3 | △2-2 △2-2 | 
| 順位 | チーム名 | 勝点 | 勝 | 分 | 敗 | 得 | 失 | 差 | |
| 1 | 1部昇格 | グランセナ新潟 | 31 | 10 | 1 | 3 | 27 | 8 | 19 | 
| 2 | 1部昇格 | サウルコス福井 | 28 | 9 | 1 | 4 | 28 | 15 | 13 | 
| 3 | 大原学園JaSRA | 26 | 8 | 2 | 4 | 33 | 22 | 11 | |
| 4 | アンテロープ塩尻 | 23 | 6 | 5 | 3 | 23 | 18 | 5 | |
| 5 | CUPS NIIGATA | 20 | 6 | 2 | 6 | 24 | 25 | -1 | |
| 6 | 丸岡フェニックス | 15 | 5 | 0 | 9 | 21 | 19 | 2 | |
| 7 | 降格 | テイヘンズFC | 12 | 3 | 3 | 8 | 18 | 32 | -14 | 
| 8 | 降格 | 富山新庄クラブ | 5 | 1 | 2 | 11 | 14 | 49 | -35 | 
| 新潟 | 福井 | 大原 学園 | 塩尻 | CUPS | 丸岡 | テイ ヘン | 富山 新庄 | |
| グランセナ 新潟 | ○3-0 ●0-1 | ○2-0 ○4-0 | ○4-1 ○1-0 | ○2-0 ●0-1 | ○2-0 ○3-1 | ●2-3 △0-0 | ○2-0 ○2-1 | |
| サウルコス 福井 | ○1-0 ●0-3 | ○4-2 ○3-2 | ●0-1 ●1-2 | ○4-0 △0-0 | ○3-1 ●0-2 | ○1-0 ○2-0 | ○5-0 ○4-2 | |
| 大原学園 JaSRA | ●0-4 ●0-2 | ●2-3 ●2-4 | △1-1 △2-2 | ○3-1 ○4-0 | ○2-1 ○2-1 | ○6-0 ○2-1 | ○2-1 ○5-1 | |
| アンテロープ 塩尻 | ●0-1 ●1-4 | ○2-1 ○1-0 | △2-2 △1-1 | ●1-3 ○2-1 | ○2-0 ○1-0 | △1-1 ○5-0 | △2-2 △2-2 | |
| CUPS NIIGATA | ○1-0 ●0-2 | △0-0 ●0-4 | ●0-4 ●1-3 | ●1-2 ○3-1 | ○2-0 ●0-2 | ○5-2 △2-2 | ○5-1 ○4-2 | |
| 丸岡 フェニックス | ●1-3 ●0-2 | ○2-0 ●1-3 | ●1-2 ●1-2 | ●0-1 ●0-2 | ○2-0 ●0-2 | ○3-0 ●1-2 | ○7-0 ○2-0 | |
| テイヘンズ | △0-0 ○3-2 | ●0-2 ●0-1 | ●1-2 ●0-6 | ●0-5 △1-1 | △2-2 ●2-5 | ○2-1 ●0-3 | ○6-0 ●1-2 | |
| 富山新庄 クラブ | ●1-2 ●0-2 | ●2-4 ●0-5 | ●1-5 ●1-2 | △2-2 △2-2 | ●2-4 ●1-5 | ●0-2 ●0-7 | ○2-1 ●0-6 |