| 順位 | チーム名 | 勝点 | 勝 | PK負 | 敗 | 得 | 失 | 差 | |
| 1 | J昇格 | 福岡ブルックス | 72 | 24 | 0 | 6 | 83 | 25 | 58 | 
| 2 | J昇格 | 京都パープルサンガ | 70 | 23 | 1 | 6 | 74 | 38 | 36 | 
| 3 | 東京ガス | 61 | 20 | 1 | 9 | 66 | 35 | 31 | |
| 4 | 鳥栖フューチャーズ | 60 | 19 | 3 | 8 | 47 | 37 | 10 | |
| 5 | 大塚FCヴォルティス徳島 | 57 | 19 | 0 | 11 | 53 | 28 | 25 | |
| 6 | ヴィッセル神戸 | 55 | 18 | 1 | 11 | 53 | 36 | 17 | |
| 7 | 本田技研 | 49 | 16 | 1 | 13 | 58 | 42 | 16 | |
| 8 | 東芝 | 46 | 15 | 1 | 14 | 46 | 55 | -9 | |
| 9 | ヴァンフォーレ甲府 | 43 | 14 | 1 | 15 | 54 | 54 | 0 | |
| 10 | NEC山形 | 41 | 13 | 2 | 15 | 45 | 47 | -2 | |
| 11 | コスモ石油 | 36 | 11 | 3 | 16 | 27 | 47 | -20 | |
| 12 | 富士通 | 34 | 11 | 1 | 18 | 45 | 61 | -16 | |
| 13 | 福島FC | 33 | 11 | 0 | 19 | 24 | 67 | -43 | |
| 14 | NTT関東 | 31 | 9 | 4 | 17 | 34 | 63 | -29 | |
| 15 | ブランメル仙台 | 27 | 9 | 0 | 21 | 40 | 79 | -39 | |
| 16 | 西濃運輸 | 26 | 8 | 2 | 20 | 27 | 62 | -35 | 
| 福岡 | 京都 | 東ガス | 鳥栖 | 大塚 | 神戸 | 本田 | 東芝 | 甲府 | 山形 | コスモ | 富士通 | 福島 | N関 | 仙台 | 西濃 | |
| 福岡 ブルックス | ★2-3 ○2-0 | ○2-0 ●0-1 | ○3-1 ○4-0 | ○3-0 ●0-2 | ○3-1 ★1-2 | ○1-0 ○3-1 | ○3-0 ○4-1 | ○3-1 ○1-0 | ○4-2 ○5-0 | ○4-1 ○3-0 | ○4-2 ★0-1 | ○4-1 ○3-1 | ○6-0 ★2-3 | ○2-0 ○5-1 | ○4-0 ○2-0 | |
| 京都パープル サンガ | ●0-2 ☆3-2 | ◇2-2 ●2-3 | ◇1-1 ○1-0 | ●0-1 ○3-2 | ○1-0 ●2-3 | ○3-1 ☆2-1 | ○5-1 ○1-0 | ○5-3 ○4-2 | ◇2-2 ◆0-0 | ○4-1 ○2-1 | ○3-0 ○2-0 | ○1-0 ○7-2 | ●0-2 ○3-0 | ○6-2 ○5-1 | ○3-1 ★1-2 | |
| 東京ガス | ○1-0 ●0-2 | ○3-2 ◆2-2 | ◇1-1 ★2-3 | ○1-0 ●1-5 | ○2-0 ●1-2 | ○3-0 ●1-3 | ○4-0 ○4-0 | ●1-2 ○1-0 | ○5-2 ○2-0 | ○2-0 ○2-0 | ●2-3 ●1-2 | ○2-0 ○3-0 | ●0-2 ○1-0 | ○7-1 ○5-1 | ○3-1 ○3-1 | |
| 鳥栖フュー チャーズ | ●0-4 ●1-3 | ●0-1 ◆1-1 | ☆3-2 ◆1-1 | ○3-2 ○1-0 | ○1-0 ●1-3 | ●0-1 ★1-2 | ●0-1 ◇2-2 | ☆2-1 ○3-1 | ○3-0 ○2-0 | ◇1-1 ◇0-0 | ○2-1 ◇2-2 | ○2-0 ◆1-1 | ○2-1 ○2-0 | ○4-3 ★2-3 | ○2-0 ○2-0 | |
| 大塚FC V.徳島 | ○2-0 ●0-3 | ●2-3 ○1-0 | ○5-1 ●0-1 | ●0-1 ●2-3 | ●2-3 ○1-0 | ○2-0 ●0-1 | ○3-0 ●1-3 | ●1-2 ○1-0 | ○1-0 ○1-0 | ○2-0 ●0-1 | ○2-0 ○2-0 | ○3-0 ●2-3 | ○6-0 ○3-0 | ○3-0 ○2-1 | ☆3-2 ◇0-0 | |
| ヴィッセル 神戸 | ☆2-1 ●1-3 | ○3-2 ●0-1 | ○2-1 ●0-2 | ○3-1 ●0-1 | ●0-1 ○3-2 | ○1-0 ★1-2 | ●1-2 ○4-0 | ○2-1 ○2-1 | ●0-2 ○2-1 | ●2-3 ○2-1 | ○5-1 ●0-1 | ●0-1 ○3-1 | ○4-0 ◇2-2 | ◆1-1 ○2-0 | ○2-0 ○3-1 | |
| 本田技研 | ●1-3 ●0-1 | ★1-2 ●1-3 | ○3-1 ●0-3 | ☆2-1 ○1-0 | ○1-0 ●0-2 | ☆2-1 ●0-1 | ○2-1 ●1-2 | ○5-0 ●0-1 | ★0-1 ◆1-1 | ○2-0 ★1-2 | ○3-0 ●1-6 | ○4-1 ○3-0 | ○4-2 ○3-1 | ○4-1 ●2-3 | ○5-1 ○5-1 | |
| 東芝 | ●1-4 ●0-3 | ●0-1 ●1-5 | ●0-4 ●0-4 | ◆2-2 ○1-0 | ○3-1 ●0-3 | ●0-4 ○2-1 | ○2-1 ●1-2 | ●1-2 ○5-4 | ○3-2 ○3-1 | ●1-2 ○2-0 | ○3-0 ●1-4 | ○2-0 ★0-1 | ○3-0 ☆2-1 | ○2-1 ○2-1 | ●0-1 ○3-0 | |
| ヴァン フォーレ甲府 | ●0-1 ●1-3 | ●2-4 ●3-5 | ●0-1 ○2-1 | ●1-3 ★1-2 | ●0-1 ○2-1 | ●1-2 ●1-2 | ○1-0 ●0-5 | ●4-5 ○2-1 | ○2-1 ◇2-2 | ○5-1 ○1-0 | ●0-3 ☆2-1 | ●2-3 ○3-0 | ○6-1 ●2-3 | ◆2-2 ○2-0 | ○4-0 ◇0-0 | |
| NEC山形 | ●0-5 ●2-4 | ◇0-0 ◆2-2 | ●0-2 ●2-5 | ●0-2 ●0-3 | ●0-1 ●0-1 | ●1-2 ○2-0 | ◇1-1 ☆1-0 | ●1-3 ●2-3 | ◆2-2 ●1-2 | ●1-2 ★0-1 | ☆2-1 ○4-1 | ○2-0 ○6-1 | ☆1-0 ○1-0 | ●2-3 ○5-0 | ○2-0 ○2-0 | |
| コスモ石油 | ●0-3 ●1-4 | ●1-2 ●1-4 | ●0-2 ●0-2 | ◆0-0 ◆1-1 | ○1-0 ●0-2 | ●1-2 ○3-2 | ☆2-1 ●0-2 | ●0-2 ○2-1 | ●0-1 ●1-5 | ☆1-0 ○2-1 | ○3-1 ●1-2 | ●0-1 ◆1-1 | ◇1-1 ◇0-0 | ●1-2 ○1-0 | ○2-0 ●0-2 | |
| 富士通 | ☆1-0 ●2-4 | ●0-2 ●0-3 | ○2-1 ○3-2 | ◆2-2 ●1-2 | ●0-2 ●0-2 | ○1-0 ●1-5 | ○6-1 ●0-3 | ○4-1 ●0-3 | ★1-2 ○3-0 | ●1-4 ★1-2 | ○2-1 ●1-3 | ●0-1 ○3-1 | ●1-3 ○2-0 | ○3-1 ●0-4 | ★1-2 ★3-4 | |
| 福島FC | ●1-3 ●1-4 | ●2-7 ●0-1 | ●0-3 ●0-2 | ◇1-1 ●0-2 | ○3-2 ●0-3 | ●1-3 ○1-0 | ●0-3 ●1-4 | ☆1-0 ●0-2 | ●0-3 ○3-2 | ●1-6 ●0-2 | ◇1-1 ○1-0 | ●1-3 ○1-0 | ◇0-0 ●1-3 | ●0-4 ○1-0 | ●0-2 ○2-1 | |
| NTT関東 | ☆3-2 ●0-6 | ●0-3 ○2-0 | ●0-1 ○2-0 | ●0-2 ●1-2 | ●0-3 ●0-6 | ◆2-2 ●0-4 | ●1-3 ●2-4 | ★1-2 ●0-3 | ○3-2 ●1-6 | ●0-1 ★0-1 | ◆0-0 ◆1-1 | ●0-2 ○3-1 | ○3-1 ◆0-0 | ○3-1 ○3-1 | ●1-2 ○2-1 | |
| ブランメル 仙台 | ●1-5 ●0-2 | ●1-5 ●2-6 | ●1-5 ●1-7 | ☆3-2 ●3-4 | ●1-2 ●0-3 | ●0-2 ◇1-1 | ○3-2 ●1-4 | ●1-2 ●1-2 | ●0-2 ◇2-2 | ●0-5 ○3-2 | ●0-1 ○2-1 | ○4-0 ●1-3 | ●0-1 ○4-0 | ●1-3 ●1-3 | ★1-2 ○1-0 | |
| 西濃運輸 | ●0-2 ●0-4 | ☆2-1 ●1-3 | ●1-3 ●1-3 | ●0-2 ●0-2 | ◆0-0 ★2-3 | ●1-3 ●0-2 | ●1-5 ●1-5 | ●0-3 ○1-0 | ◆0-0 ●0-4 | ●0-2 ●0-2 | ○2-0 ●0-2 | ☆4-3 ☆2-1 | ●1-2 ○2-0 | ●1-2 ○2-1 | ●0-1 ☆2-1 |