| 01 国立 | 天皇杯 | ガンバ大阪 | 延 1 - 0 | 柏レイソル |
| 10 八代多目的 | 九州各県 | 七隈トンビーズ | 2 - 2 pk | 九州総合スポカレ |
| 10 八代陸上 | 九州各県 | 海自大村航空基地 | 1 - 2 | ダイナマイツ八代 |
| 11 長良川 | 東海社会人 | 中京FC | 3 - 0 | 静大クラブ |
| 11 長良川 | 東海社会人 | 長良クラブ | 1 - 2 | 伊勢ペルソナ |
| 18 橿原公苑 | 全社予選 | ポルベニルカシハラ | 1 - 0 | 奈良高専OB |
| 18 葛城新庄 | 全社予選 | K.Z.M. | 1 - 7 | 大和クラブ |
| 22 旧都秋川高 | 天皇杯予選 | 鶴牧SC | pk 2 - 2 | 東京ベイFC |
| 22 片倉工学院 | 天皇杯予選 | 横浜GSコブラ | 4 - 0 | さがみ大沢FC |
| 08 栃木グリーン | Ｊ２ | 栃木SC | 0 - 1 | FC岐阜 |
| 11 等々力 | ＡＣＬ | Kawasaki Frontale | 1 - 0 | Tianjin Teda |
| 15 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 0 - 1 | ヴァンフォーレ甲府 |
| 22 町田野津田 | ＪＦＬ | 町田ゼルビア | 0 - 2 | ニューウェーブ北九州 |
| 25 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 1 - 0 | ザスパ草津 |
| 05 板野スポビレＡ | 四国Ｌ | 三洋電機徳島 | 4 - 0 | 南国高知 |
| 05 板野スポビレＣ | 四国Ｌ | カマタマーレ讃岐 | 9 - 0 | なんこくトラスター |
| 07 瑞穂陸上 | ＡＣＬ | Nagoya Grampus Eight | 1 - 1 | Newcastle Jets |
| 11 石巻 | ＪＦＬ | ソニー仙台 | 1 - 2 | SAGAWA SHIGA |
| 12 利府花園Ａ | 東北Ｌ１ | NECトーキンFC | 4 - 1 | 盛岡ゼブラ |
| 12 利府花園Ｂ | 東北Ｌ１ | 仙台中田 | 1 - 5 | 秋田カンビアーレ |
| 25 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 0 - 1 | サガン鳥栖 |
| 02 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 0 - 0 | 東京ヴェルディ |
| 03 福井県立大 | 天皇杯予選 | パナソニック福井 | 2 - 0 | 奥越FC |
| 03 北陸大FP東 | 全社予選 | ツエーゲン金沢 | 2 - 0 | ゴールズFC |
| 09 堺金岡 | 関西Ｌ１ | FC堺 | 1 - 1 | 奈良クラブ |
| 09 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 4 - 0 | ファジアーノ岡山 |
| 17 延岡西階 | ＪＦＬ | ホンダロック | 0 - 2 | FC琉球 |
| 23 福島あづま | Ｊ２ | ベガルタ仙台 | 2 - 1 | 横浜FC |
| 24 青森山田高 | 東北Ｌ２北 | ラインメール青森 | 0 - 1 | 富士クラブ2003 |
| 30 津山 | Ｊ２ | ファジアーノ岡山 | 0 - 1 | 湘南ベルマーレ |
| 31 高川学園 | 中国Ｌ | RENOFA YAMAGUCHI | 1 - 5 | 佐川急便中国 |
| 03 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 1 - 1 | 水戸ホーリーホック |
| 07 利府宮城 | Ｊ２ | ベガルタ仙台 | 2 - 0 | FC岐阜 |
| 14 善通寺鉢伏西 | 全社予選 | R.VELHO | 1 - 0 | 南クラブ |
| 17 佐川守山 | ＪＦＬ | SAGAWA SHIGA | 3 - 0 | Ｖファーレン長崎 |
| 20 五條上野 | 関西Ｌ２ | ルネス学園甲賀 | 4 - 2 | 京都紫光クラブ |
| 21 札幌白旗山Ａ | 北海道Ｌ | 札大GP | 9 - 0 | 札幌ウインズ |
| 21 札幌雁来西 | 北海道Ｌ | ベアフット北海道 | 4 - 0 | トヨタ自動車北海道 |
| 24 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 3 - 0 | 徳島ヴォルティス |
| 28 真室川Ａ | 天皇杯予選 | 山形大学 | 13 - 0 | 中山SC |
| 28 真室川Ｂ | 天皇杯予選 | 酒田琢友クラブ | 0 - 5 | 新庄東高校 |
| 04 益城 | 九州Ｌ | ヴァンクール熊本 | 0 - 4 | 海邦銀行SC |
| 05 吹上海浜人工東 | 全社予選 | 鹿児島銀行 | 2 - 1 | OSUMI NIFS UTD. |
| 12 千曲市 | 北信越Ｌ１ | 上田ジェンシャン | 1 - 3 | グランセナ新潟 |
| 12 松本ALWINメイン | 北信越Ｌ１ | 松本山雅 | 1 - 1 | 長野パルセイロ |
| 19 豊田Ｓサブ | 東海Ｌ１ | マルヤス工業 | 1 - 1 | 矢崎バレンテ |
| 19 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 2 - 0 | 横浜FC |
| 26 上柚木 | ＪＦＬ | 横河武蔵野 | 1 - 3 | 佐川印刷 |
| 02 狭山赤坂の森 | 関東Ｌ１ | ホンダルミノッソ狭山 | 0 - 1 | ACアルマレッザ |
| 02 飛田給メイン | Ｊ２ | 東京ヴェルディ | 3 - 0 | FC岐阜 |
| 05 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 1 - 1 | 栃木SC |
| 16 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 0 - 2 | コンサドーレ札幌 |
| 22 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 3 - 2 | 横浜FC |
| 06 阿久比 | 東海Ｌ２ | 佐川急便中京 | 0 - 1 | 伊勢ペルソナ |
| 06 阿久比 | 東海Ｌ２ | 春日井クラブ | 1 - 1 | 静岡教員芙蓉クラブ |
| 06 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 1 - 1 | 湘南ベルマーレ |
| 12 富山 | Ｊ２ | カターレ富山 | 0 - 2 | FC岐阜 |
| 19 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 3 - 1 | 水戸ホーリーホック |
| 19 長良川メドウ | 天皇杯 | FC岐阜セカンド | 1 - 3 | JAPANサッカーカレッジ |
| 20 三島二日町 | 東海Ｌ２ | 静岡教員芙蓉クラブ | 2 - 1 | 伊勢ペルソナ |
| 20 三ツ沢球 | Ｊ２ | 横浜FC | 2 - 0 | 東京ヴェルディ |
| 26 コザ | ＪＦＬ | FC琉球 | 2 - 3 | TDK SC |
| 27 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 1 - 2 | ヴァンフォーレ甲府 |
| 04 太陽が丘球技Ｂ | 関西Ｌ２ | 三菱重工神戸 | 2 - 3 | 京都紫光クラブ |
| 04 太陽が丘球技Ｂ | 関西Ｌ１ | FC京都BAMB | 1 - 8 | 三洋電機洲本 |
| 07 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 1 - 1 | 東京ヴェルディ |
| 17 市原臨海 | 全国社会人 | アイン食品 | 2 - 3 | FC岐阜セカンド |
| 17 市原スポレクＣ | 全国社会人 | 鈴鹿ランポーレ | 0 - 2 | 新日鐵大分 |
| 17 新横浜 | Ｊ１ | 横浜Ｆマリノス | 2 - 1 | 名古屋グランパス |
| 18 市原スポレクＡ | 全国社会人 | 日立栃木UVA | 1 - 0 | 三洋電機洲本 |
| 18 姉崎 | 全国社会人 | ツエーゲン金沢 | 延 1 - 0 | 札大GP |
| 18 蘇我メイン | Ｊ１ | ジェフ千葉 | 1 - 1 | 京都サンガ |
| 20 市原臨海 | 全国社会人 | 長野パルセイロ | 1 - 3 | 松本山雅 |
| 20 市原臨海 | 全国社会人 | ツエーゲン金沢 | 4 - 1 | tonan前橋 |
| 20 成田中台 | ＪＦＬ | ジェフリザーブズ | 1 - 2 | 流通経済大学 |
| 25 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 3 - 3 | 愛媛FC |
| 31 秋田八橋陸 | 天皇杯 | 松本山雅 | 1 - 4 | FC岐阜 |
| 01 前橋宮城 | 関東ＬＣ | 日立栃木UVA | 3 - 0 | ACアルマレッザ |
| 01 前橋大胡 | 関東ＬＣ | S.A.I.市原 | 2 - 5 | 日立ビルケア |
| 07 押原人工芝 | 関東社会人 | 鹿島さわやか | 2 - 0 | パイオニア川越 |
| 07 押原天然芝 | 関東社会人 | 足利御厨UNITED | 0 - 2 | 東京海上日動火災 |
| 08 小瀬補助 | 関東社会人 | 玉穂FC | 1 - 2 | 鹿島さわやか |
| 14 刈谷メイン | ＪＦＬ | FC刈谷 | 3 - 1 | 三菱水島 |
| 15 熊谷陸上 | 天皇杯 | FC岐阜 | 1 - 0 | ジェフ千葉 |
| 21 春野球技 | 地域／予選 | ツエーゲン金沢 | 3 - 1 | 徳島ヴォルティス・アマ |
| 21 春野球技 | 地域／予選 | ヴォルカ鹿児島 | pk 1 - 1 | 三洋電機洲本 |
| 22 布勢陸上 | 地域／予選 | 沖縄かりゆし | 1 - 3 | 松本山雅 |
| 22 布勢陸上 | 地域／予選 | RENOFA YAMAGUCHI | 4 - 0 | 浜松大学FC |
| 23 高岡SCメイン | 地域／予選 | 日立栃木UVA | 5 - 0 | 矢崎バレンテ |
| 23 高岡SCメイン | 地域／予選 | JAPANサッカーカレッジ | pk 1 - 1 | ASラランジャ京都 |
| 29 米子東山 | ＪＦＬ | ガイナーレ鳥取 | 3 - 1 | Ｖファーレン長崎 |
| 04 松本ALWINメイン | 地域／決勝 | YSCC | 1 - 2 | 日立栃木UVA |
| 04 松本ALWINメイン | 地域／決勝 | 松本山雅 | 0 - 0 pk | ツエーゲン金沢 |
| 05 長良川 | Ｊ２ | FC岐阜 | 2 - 1 | 徳島ヴォルティス |
| 06 松本ALWINメイン | 地域／決勝 | YSCC | pk 1 - 1 | ツエーゲン金沢 |
| 06 松本ALWINメイン | 地域／決勝 | 日立栃木UVA | 1 - 2 | 松本山雅 |
| 13 瑞穂陸上 | 天皇杯 | 名古屋グランパス | 3 - 0 | FC岐阜 |
| 19 刈谷メイン | ＪＦＬ入替 | FC刈谷 | 1 - 1 | ツエーゲン金沢 |